پیشگویی دقیق ساختار دوم rna مبتنی بر الگوریتم ژنتیک

نویسندگان

سهیلا منتصری

نصرالله مقدم چرکری

فاطمه زارع میرک آباد

چکیده

مولکول rna نقش مهم و اساسی در فرآیندهای زیستی ایفا می¬کند. در بیشتر مواقع، عملکرد rnaها توسط ساختار آنها مشخص می¬شود. با توجه به پیچیدگی و هزینه بر بودن روش¬های آزمایشگاهی برای پیشگویی ساختار rnaها، از روش¬های محاسباتی استفاده می¬گردد. الگوریتم¬های متنوعی جهت پیشگویی ساختار دوم مولکول rna وجود دارد. در این مقاله، یک الگوریتم ژنتیک بنام rnag جهت پیشگویی ساختار دوم مولکول rna براساس حداقل انرژی آزاد ارائه می¬شود. در این الگوریتم، هر فرد از جمعیت شامل تعدادی ساقه می¬باشد. افراد براساس مقدار برازندگی حداقل انرژی آزاد شده از ساقه¬ها و حلقه¬ها به¬ترتیب صعودی رتبه¬بندی شده و در ادامه به¬ترتیب عملگرهای تقاطع و جهش روی آنها برای ایجاد نسل بعد اجرا می¬گردد. فرآیند تولید نسل تا زمان تولید یک فرد با حداقل انرژی آزاد مناسب ادامه می¬یابد. در پایان این فرد به¬عنوان ساختار دوم بهینه در نظر گرفته می¬شود. الگوریتم پیشنهادی روی تعدادی از rnaها در باکتری¬ها اجرا می¬گردد. نتایج حاصل از این تحقیق نشان می¬دهد که الگوریتم rnag در مقایسه با سایر روش¬های مشابه دارای دقت بسیار بالا است.

برای دانلود باید عضویت طلایی داشته باشید

برای دانلود متن کامل این مقاله و بیش از 32 میلیون مقاله دیگر ابتدا ثبت نام کنید

اگر عضو سایت هستید لطفا وارد حساب کاربری خود شوید

منابع مشابه

پیشگویی دقیق ساختار دوم RNA مبتنی بر الگوریتم ژنتیک

مولکول RNA نقش مهم و اساسی در فرآیندهای زیستی ایفا می¬کند. در بیشتر مواقع، عملکرد RNAها توسط ساختار آنها مشخص می¬شود. با توجه به پیچیدگی و هزینه بر بودن روش¬های آزمایشگاهی برای پیشگویی ساختار RNAها، از روش¬های محاسباتی استفاده می¬گردد. الگوریتم¬های متنوعی جهت پیشگویی ساختار دوم مولکول RNA وجود دارد. در این مقاله، یک الگوریتم ژنتیک بنام RNAG جهت پیشگویی ساختار دوم مولکول RNA براساس حداقل انرژی ...

متن کامل

پیشگویی ساختار دوم rna مبتنی بر روش اکتشافی

rnaها در بسیاری از فرایندهای زیستی و پزشکی نقش حیاتی دارند و کارکرد rna به طور مستقیم به ساختارش وابسته است. طراحی ساختارهای rna مسئله ای اصلی در زمینه ی زیست شناسی است که دردرمان و نانوتکنولوژی اهمیت دارد. به همین دلیل الگوریتم هایی برایپیش گویی ساختار دوم rna ایجاد شده است. در این مقاله الگوریتمی برایپیش گویی دقیق ساختار دوم rna بر اساس کمترین میزان انرژی آزاد و بیشترین تعداد جفت بازهای مجاور...

متن کامل

روشی دقیق برای تعیین فاصله خطا در خطوط انتقال چند پایانه‌ای مبتنی بر امواج سیار و الگوریتم ژنتیک

In this paper, a new algorithm has been proposed for determining accurate fault distance on multi-terminal transmission lines. This method is based on genetic algorithm, and uses synchronous data recorded at all terminals, and includes two steps. In the first step, employing a comparing method, the faulty section is identified. In the second step, precise distance of the fault is found utilizin...

متن کامل

یک الگوریتم مکاشفه ای برای حل مسئله برعکس پیشگویی ساختار rna

عملکرد مولکول rna اغلب وابسته به ساختار فضایی آن است. از این رو مسئله طراحی رشته نوکلئوتیدی یک rna که به ساختار خاصی تا بخورد برای زیست شناسان، پزشکان و داروسازان حائز اهمیت است. این مسئله به مسئله معکوس تاشدگی معروف بوده و بدین صورت تعریف می شود که برای یک ساختار دوم rna داده شده،هدف پیدا کردن دنباله نوکلئوتیدی است که ساختار دوم آن (با حداقل انرژی آزاد) مشابه با ساختار داده شده باشد. رویکردی...

استفاده از الگوریتم ژنتیک و تحلیل پوششی داده‌ها برای انتخاب کاراترین چیدمان مبتنی بر ساختار نواری منعطف

«چیدمان تسهیلات» مسئله‌یی است که به تعیین موقعیت دپارتمان‌ها در کف کارخانه می‌پردازد. رایج‌ترین هدف در این مسئله کمینه‌سازی هزینه‌های حمل‌ونقل مواد است. بیشتر محققین به چندمنظوره‌بودن ماهیت مسائل چیدمان اذعان دارند و بنابراین، در تعیین مکان مناسب تسهیلات در نظر گرفتنِ اهداف مختلف ضرورت می‌یابد. از این‌رو در این نوشتار با در نظر گرفتن اهداف مختلف و به‌کارگیری یک رویکرد چندمرحله‌یی ــٓشامل الگوریتم...

متن کامل

پیشگویی برهم کنش دو مولکول rna مبتنی بر روش های اکتشافی

برهم کنش دو مولکول rna در بسیاری از فرآیندهای زیستی مانند تنظیم بیان ژن، کنترل رشد و نمو سلولی نقش دارد. در این فرآیند، یک مولکول rna با ایجاد برهم کنش های پایدار با rna دیگر از ترجمه ی آن جلوگیری می کند. به همین دلیل الگوریتم-هایی جهت پیشگویی برهم کنش دو مولکول rna ایجاد شده اند. یکی از چالش های اکثر این الگوریتم ها، زمان محاسباتی بالای آنها است. در این پایان نامه سه الگوریتم جدید به نام های t...

15 صفحه اول

منابع من

با ذخیره ی این منبع در منابع من، دسترسی به آن را برای استفاده های بعدی آسان تر کنید


عنوان ژورنال:
مجله پژوهش های سلولی و مولکولی

ناشر: انجمن زیست شناسی ایران

ISSN 2383-2738

دوره 27

شماره 3 2014

میزبانی شده توسط پلتفرم ابری doprax.com

copyright © 2015-2023